Secuenciación automática: método enzimático

Se realizan cuatro reacciones de secuencia distintas en cada una de las cuales se añade el oligonucleótido marcado en 5´ con una sonda fluorescente distinta, junto con la polimerasa, los dNTPs y el ddNTP correspondiente. Las sondas empleadas son:

para A ---> JOE. Emisión: verde. Derivado de fluoresceína
para C ---> FAM. Emisión: azul. Derivado de fluoresceína
para G --> TAMRA. Emisión: amarillo. Derivado de rodamina
para T --> ROX. Emisión: rojo. Derivado de rodamina

Durante la electroforésis las bandas del ADN de cadena sencilla pasan a través de un láser de argón que excita las sondas fluorescentes, la señal de emisión de fluorescencia, una vez amplificada, es detectada a través de un filtro y asignada a la base correspondiente