El equipo funciona de forma completamente automática inyectando las muestras (que se preparan exactamente igual que durante la secuenciacion en geles y se colocan en una placa de 96 pocillos), en un capilar previamente cargado con un cierto polimero que funciona como lo hace la matriz de acrilamida:bisacrilamida:urea de los geles de secuencia, permitiendo resolver fragmentos de ADN de cadena sencilla que se diferencian en una unica base.
A una altura determinada el laser detecta la fluorescencia emitida por cada cadena sencilla de ADN fluorescente y traduce esta emision de fluorescencia en la secuencia correspondiente. Una vez desarrollada la electroforesis de la primera muestra, el capilar se vacía rellenandose nuevamente con polímero fresco: Se inyecta a continuación una segunda muestra,se procede a desarrollar nuevamente la electroforesis y así sucesivamente. (ver diagrama)
Las principales ventajas de estos nuevos equipos son:
IIB - CSIC