¿CÓMO EJECUTO UN PROGRAMA?

   Este es un punto importante. Para poder ejecutar un programa, tiene que cumplirse que

  1. Sea ejecutable
  2. Sea accesible, es decir que este incluido en el PATH
  3. Que este libre de errores y bien configurado

Por lo general no tendremos problemas, y cuando hemos usado comandos antes, ya hemos visto como se ejecuta un programa pues un comando es un programa que pertenece al sistema operativo. Su PATH, es el resultado de ejecutar 'whereis'. Pensemos un poco en ello. Bien, siguiendo con nuestros ejemplos, ejecutemos un programa y para que sea lo más didáctico posible, que sea un programa en Perl:

Ejemplo

profesor@caradhras:~/bioperl$ ls -l
total 4
-rwxr-xr-x    1 profesor profesor      141 Oct 23 11:50 ex01-swissret.pl
profesor@caradhras:~/bioperl$ ./ex01-swissret.pl
....... tiempo de ejecución .........
....... y nos devuelve el prompt ....

profesor@caradhras:~/bioperl$ ls -l
total 8
-rwxr-xr-x    1 profesor profesor      141 Oct 23 11:50 ex01-swissret.pl
-rw-r--r--    1 profesor profesor      520 Oct 23 13:15 roa1.fasta

Ahora tenemos un archivo nuevo, que es el resultado del ejemplo 01 que trae a nuestro disco duro una secuencia de la base de datos SwissProt en formato FASTA.