Además, en lugar de hacer las funciones en modo interactivo, se van a hacer como distintos filtros.

Los filtros a realizar son los siguientes:

• dna2cdna.pl - La secuencia que le damos a la entrada la pasa a su dna complementario a la salida.
• dna2rna.pl - Pasa la secuencia a rna.
• dna2prot.pl - Pasa la secuencia de bases a secuencia de aminoacidos.
• basecont.pl - Cuenta las bases del dna.

echo.pl
#!/usr/bin/perl while (<>) { print; }

El resto los tienen que hacer los alumnos en función de las modificaciones que se les pasó para las funciones de la práctica anterior utilizando expresiones regulares y demás herramientas propias del Perl.

dna2rna.pl
#!/usr/bin/perl while (<>) { tr/ATCGatcg/TAGCtagc/; print; }

dna2cdna.pl
#!/usr/bin/perl while (<>) { tr/Tt/Uu/; print; }

basecont.pl
#!/usr/bin/perl my $dna; while (<>) { chomp; $dna.=$_; } my %nbases=cont_dna($dna); print <<"EOTXT"; Numero de A: $nbases{A} Numero de T: $nbases{T} Numero de G: $nbases{G} Numero de C: $nbases{C} EOTXT sub cont_dna { my ($dna) = @_; my %nb; %nb{A}=($dna=~tr/Aa//); %nb{T}=($dna=~tr/Tt//); %nb{G}=($dna=~tr/Gg//); %nb{C}=($dna=~tr/Cc//); return %nb; }

dna2prot.pl

#!/usr/bin/perl my %codon2a = ( 'TCA' => 'S', # Serine 'TCC' => 'S', # Serine 'TCG' => 'S', # Serine 'TCT' => 'S', # Serine 'TTC' => 'F', # Phenilalanine 'TTT' => 'F', # Phenilalanine 'TTA' => 'L', # Leucine 'TTG' => 'L', # Leucine 'TAC' => 'Y', # Tyrosine 'TAT' => 'Y', # Tyrosine 'TAA' => '_', # STOP 'TAG' => '_', # STOP 'TGC' => 'C', # Cysteine 'TGT' => 'C', # Cysteine 'TGA' => '_', # STOP 'TGG' => 'W', # Tryptophan 'CTA' => 'L', # Leucine 'CTC' => 'L', # Leucine 'CTG' => 'L', # Leucine 'CTT' => 'L', # Leucine 'CCA' => 'P', # Proline 'CCC' => 'P', # Proline 'CCG' => 'P', # Proline 'CCT' => 'P', # Proline 'CAC' => 'H', # Histidine 'CAT' => 'H', # Histidine 'CAA' => 'Q', # Glutamine 'CAG' => 'Q', # Glutamine 'CGA' => 'R', # Arginine 'CGC' => 'R', # Arginine 'CGG' => 'R', # Arginine 'CGT' => 'R', # Arginine 'ATA' => 'I', # Isoleucine 'ATC' => 'I', # Isoleucine 'ATT' => 'I', # Isoleucine 'ATG' => 'M', # Methionine 'ACA' => 'T', # Threonine 'ACC' => 'T', # Threonine 'ACG' => 'T', # Threonine 'ACT' => 'T', # Threonine 'AAC' => 'N', # Asparagine 'AAT' => 'N', # Asparagine 'AAA' => 'K', # Lysine 'AAG' => 'K', # Lysine 'AGC' => 'S', # Serine 'AGT' => 'S', # Serine 'AGA' => 'R', # Arginine 'AGG' => 'R', # Arginine 'GTA' => 'V', # Valine 'GTC' => 'V', # Valine 'GTG' => 'V', # Valine 'GTT' => 'V', # Valine 'GCA' => 'A', # Alanine 'GCC' => 'A', # Alanine 'GCG' => 'A', # Alanine 'GCT' => 'A', # Alanine 'GAC' => 'D', # Aspartic Acid 'GAT' => 'D', # Aspartic Acid 'GAA' => 'E', # Glutamic Acid 'GAG' => 'E', # Glutamic Acid 'GGA' => 'G', # Glycine 'GGC' => 'G', # Glycine 'GGG' => 'G', # Glycine 'GGT' => 'G' # Glycine ); my $dna; while (<>) { chomp; # Quita retorno de carro final s/ //; # Elimina posibles espacios $_=uc; # Pasa a mayusculas $dna.=$_; } my $prot; while ($dna=~s/([ATCG]{3})//) { $prot.=$codon2a{$1}?$codon2a{$1}:'*'; } ## otra forma más intuitiva de hacerlo sería: # for (my $cont=0; substr($dna,$cont,3); $cont+=3) { # $prot.=$codon2a{substr($dna,$cont,3)}; # } print $prot;

Notar que estos 'filtros' suponen que las secuencias se les pasan 'puras'. Quiero decir, que son cadenas de bases A, T, G y C sin más.

El módulo que se proporciona en la tercera práctica si contempla que se le puedan meter secuencias con formatos (por ejemplo con un número que indique la posición de la base). De este modo se ven expresiones regulares más complejas.